三元理論認為：“疾病萬千，不離三元。何謂三元？毒郁虛”。三元醫學理論認識疾病，認為世界的萬千疾病的病因、病機、辯證、治療，不離三個字：“毒郁虛”。毒就是有熱了，上火了，血熱了，濕熱，傷風、傷寒了。有菌性炎癥、無菌性炎癥，造成身體的腫脹、滲出、疼痛和器官損害壞死變性的改變。
郁就是身體的各種不流行、不通暢、即郁滯不通。包括氣、血、痰、濕、食、水在體內造成的不暢或堵塞。氣滯則脹，血滯則青或疼痛，痰阻則難咯或出現神志病變，濕盛則沉重，食積則不消，或大便艱。水停則脹如腹水。
虛就是不足，即氣血陰陽的不足。氣虛無力，血虛則無華色，陽虛則外寒，陰虛則內熱。世界的萬千疾病，有毒了，不通了，虛弱不足了，除此三者，沒有別的病。無毒無虛腑臟經絡通暢，則無病。
人是一個有機的整體，人和自然有著密切的關系。這就是醫學的整體觀念，治病時辨證論治，要分清毒郁虛，提綱挈領地認識疾病。整個自然界是一元，一元產生陰陽二氣（即自然界相互對立又依存著的兩種屬性，并且在一定條件下可以互相轉化）。從陰陽的二元論到毒郁虛的三元論，才更適合指導疾病的診斷和治療。三元論能統領疾病的各種辨證方法（陰陽辨證、臟腑辨證、氣血津液辨證、八綱辨證、經絡辨證、六經辨證、衛氣營血辨證、三焦辨證等。）任何以一種辨證方法和其它辨證方法割裂開來，或者以一種經典理論（如六經辨證）來限制和阻止其它醫學檢驗論文的發展，都是非常錯誤和不得人心的。
三元醫學論文的毒郁虛之間，也存在不可分割的辨證關系。也不能把毒郁虛完全割裂開來。即毒中有郁有虛，郁中也有毒有虛，虛中也可以有毒有郁。即你中有我，我中有你，或者一中有三，或者二中有三，才能完整系統的認識疾病。
